日治時期的赤崁國民學校，戰後改名為「澎湖縣白沙鄉赤崁國民學校」。民國35學年度，該校編制6班，學生有男生206人、女生77人，共283人；同年9月，設置員貝分班。該校規模自民國54學年度以後，年年縮減，民國57年（1968），改名為「白沙鄉赤崁國民小學」。
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赤崁國民小學屬於偏遠地區學校，學區涵蓋赤崁村、小赤村、岐頭村、以及瓦硐村4個社區，是白沙鄉最大，也是唯一設有特殊教育班的國民學校。民國92學年度，全校編制8班（含啟智班1班），學生數135人（含啟智班4人），教師15人，職員2人；普通班每班平均人數為18.71人。
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文字來源｜續修澎湖縣志（教育志）
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